舞台是象征理性的「青之世界(😩)」,然而正在遭受由本能(👞)支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与(🤥)侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员,随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指(🚢)挥官,受命(⏩)负责横跨石垣岛(🚏)和西表岛而构成的对位相外防卫机关,通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后,于四年前成立的第六战斗单元「IS」的(🏫)学生们。主人公作为教官,率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手(Rider),共同浴血奋战,应(📘)对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中,他们的友情也在逐渐加深。